Лаборатория системной вирусологии

Основные направления деятельности:

• Поиск вирусных и клеточных мишеней для создания новых противовирусных препаратов.
• Изучение механизмов противовирусного действия потенциальных и существующих лекарственных препаратов современными методами, такими как поверхностный плазмонный резонанс, MALDI масс-спектрометрия, секвенирование нового поколения, одномерное и двумерное электрофоретическое разделение белков, атомно-силовая микроскопия.
• Установление состава и структурных компонентов экспериментальных партий вакцин, разрабатывающихся в ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава России.
• Определения параметров связывания диагностических моноклональных антител с антигенами методом поверхностного плазмонного резонанса.
• Разработка новых методологических подходов для диагностики воспалительных процессов в организме, в том числе сепсиса, на основе масс-спектрометрии.
• Изучение фундаментальных основ взаимодействия вируса гриппа с клеткой методами протеомики и секвенирования нового поколения.

Достижения

В рамках ФЦП «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу» проводится разработка и тестирование нового противовирусного препарата пептидной природы, а также его доклинические исследования совместно с другими лабораториями ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава России (Matusevich O.V. et al., 2014; Egorov et al.,International Journal of Peptides, 2013).

Проекты

• Государственный контракт №14.N08.11.0080 «Доклинические исследования противовирусного препарата пептидной природы, подавляющего репликацию вирусов гриппа человека А (H1N1)» (ФЦП «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу»)
• Государственное задание «Изучение физико-химических и иммуногенных свойств вирусоподобных частиц на основе корового антигена вируса гепатита B (HBc) и эктодомена белка M2 вируса гриппа A» (2016 г.) 

Межинститутские и международные научные связи

• Лаборатория системной вирусологии сотрудничает с НИЦ «Курчатовский институт» (Россия), лабораторией нейтронной физики имени И.М. Франка (Объединённый Институт Ядерных Исследований, Дубна, Россия),Jülich Centre for Neutron Science (Мюнхен, Германия) и European Synchrotron Radiation Facility (Гренобль, Франция) в структурных исследованиях вирусных и клеточных белков.

Избранные публикации

1. Артемьев Г.А., Бондарев В.П., Борисевич С.В., Васин А.В., Воинков Е.К., Главатских С.А., Деева Э.Г., Егоров В.В., Забелина О.Н., Загородникова К.А., Иванова А.В., Иванцова М.Н., Киселев О.И., Кожихова К.В., Козицина А.Н., Коновалова Н.И., Копчук Д.С., Котовская С.К., Логинова С.Я., Максимов В.А. и др. ТРИАЗАВИРИН - ПРОТИВОВИРУСНЫЙ ПРЕПАРАТ НОВОГО ПОКОЛЕНИЯ Екатеринбург, 2016.
2. Ланда С.Б., Аль-Шукри С.Х., Горбачев М.И., Егоров В.В., Эмануэль Ю.В., Эмануэль В.Л. ПАТОХИМИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ОЛИГОМЕРНЫХ ФОРМ БЕЛКА ТАММА-ХОРСФАЛЛА ПРИ УРОЛИТИАЗЕ Клиническая лабораторная диагностика. 2016. Т. 61. № 6. С. 335-341.
3. Egorov V.V., Lebedev D.V., Isaev-Ivanov V.V., Gorshkov A.N., Vasin A.V., Kiselev O.I., Murugova T.N. CHARACTERIZATION OF OLIGOMERIZATION OF A PEPTIDE FROM THE EBOLA VIRUS GLYCOPROTEIN BY SMALL-ANGLE NEUTRON SCATTERING Crystallography Reports. 2016. Т. 61. № 1. С. 94-97.
4. Kadochnikov V.V., Egorov V.V., Shvetsov A.V., Isaev-Ivanov V.V., Lebedev D.V., Kuklin A.I. MODELING OF CONFORMATIONAL TRANSITIONS OF FIBRILLOGENIC PEPTIDE, HOMOLOGOUS TO BETA-DOMAIN OF HUMAN ALPHA-LACTALBUMIN Crystallography Reports. 2016. Т. 61. № 1. С. 98-105.
5. Тараскин А.С., Ягудина Я.А. ОЧИСТКА И МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ РЕКОМБИНАНТНЫХ БЕЛКОВ ВИРУСА ЭБОЛА В КОМПЛЕКСНОМ ВАКЦИННОМ ПРЕПАРАТЕ В сборнике: Неделя науки СПбПУ. материалы научного форума с международным участием. Лучшие доклады. Ответственные редакторы: В.Э. Гасумянц, Д.Д. Каров. 2016. С. 168-172.
6. Sivak K.V., Vasin A.V., Egorov V.V., Tsevtkov V.B., Kuzmich N.N., Savina V.A., Kiselev O.I. ADENOSINE A2A RECEPTOR AS A DRUG TARGET FOR TREATMENT OF SEPSIS Molecular Biology. 2016. Т. 50. № 2. С. 200-212.
7. Антимонова О.И., Грудинина Н.А., Егоров В.В., Поляков Д.С., Ильин В.В., Шавловский М.М. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ КРАСИТЕЛЯ КОНГО КРАСНЫЙ С ФИБРИЛЛАМИ ЛИЗОЦИМА, БЕТА2-МИКРОГЛОБУЛИНА И ТРАНСТИРЕТИНА Цитология. 2016. Т. 58. № 2. С. 156-163.
8. Даниленко Д.М., Смирнова С.С., Смирнова Т.Д., Писарева М.М., Плотникова М.А., Дурнова А.О., Еропкин М.Ю. ОТВЕТ КЛЕТОК ПЕРЕВИВАЕМЫХ ЛИНИЙ КАРЦИНОМЫ ЛЕГКОГО (А-549) И ЭНДОТЕЛИЯ (ECV-304) ЧЕЛОВЕКА НА ЗАРАЖЕНИЕ ВИРУСОМ ГРИППА А ПРИ РАЗЛИЧНОЙ СТЕПЕНИ ИНФИЦИРОВАННОСТИ КЛЕТОК Цитология. 2016. Т. 58. № 3. С. 192-200.
9. Egorov V.V., Lebedev D.V., Shvetsov A.V., Isaev-Ivanov V.V., Shaldzhyan A.A., Gorshkov A.N., Zabrodskaya Ya.A., Ksenofontova O.I., Tsybalova L.M., Kuklin A.I., Vasin A.V. ON THE STRUCTURAL FEATURES OF INFLUENZA A NUCLEOPROTEIN PARTICLES FROM SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERING DATA Journal of Surface Investigation: X-Ray, Synchrotron and Neutron Techniques. 2016. Т. 10. № 2. С. 322-325.
10. Heydarov R.N., Fesenko E.E., Shaskolskiy B.L., Titov S.V., Dementieva E.I., Zasedatelev A.S., Mikhailovich V.M., Klotchenko S.A., Vasin A.V., Kiselev O.I. IDENTIFICATION OF GENETIC DETERMINANTS OF INFLUENZA A VIRUS RESISTANCE TO ADAMANTANES AND NEURAMINIDASE INHIBITORS USING BIOLOGICAL MICROARRAY Doklady Biochemistry and Biophysics. 2015. Т. 460. № 1. С. 4-8.
11. Vasin A.V., Petrova A.V., Egorov V.V., Plotnikova M.A., Klotchenko S.A., Kiselev O.I., Karpenko M.N. THE INFLUENZA A VIRUS NS GENOME SEGMENT DISPLAYS LINEAGE-SPECIFIC PATTERNS IN PREDICTED RNA SECONDARY STRUCTURE BMC Research Notes. 2016. Т. 9. № 1. С. 279.
12. Шевченко В.Я., Киселев О.И., Соколов В.Н., Агафонов А.В., Алешина Н.А., Антропова Т.В.,Анциферова Ю.С., Баранчиков А.Е., Бурылев В.В., Васин А.В., Гордеев С.К., Долинина Е.С., ЕгоровВ.В., Иванов В.К., Копица Г.П., Красильникова А.К., Кручинина И.Ю., Ксенофонтова О.И., ЛеньшинА.С., Мошников В.А. и др. ИССЛЕДОВАНИЕ, ТЕХНОЛОГИЯ И ИСПОЛЬЗОВАНИЕ НАНОПОРИСТЫХ НОСИТЕЛЕЙ ЛЕКАРСТВ В МЕДИЦИНЕ Санкт-Петербург, 2015.
13. Rusinov V.L., Sapozhnikova I.M., Ulomskii E.N., Medvedeva N.R., Chupakhin O.N., Egorov V.V., Kiselev O.I., Deeva E.G., Vasin A.V. NUCLEOPHILIC SUBSTITUTION OF NITRO GROUP IN NITROTRIAZOLOTRIAZINES AS A MODEL OF POTENTIAL INTERACTION WITH CYSTEINE-CONTAINING PROTEINS Chemistry of Heterocyclic Compounds. 2015. Т. 51. № 3. С. 275-280.
14. Kiselev O.I., Vasin A.V., Deeva E.G., Sivak K.V., Egorov V.V., Tsvetkov V.B., Egorov A.Y., Romanovskaya-Romanko E.A., Stepanova L.A., Komissarov A.B., Tsybalova L.M., Ignatjev G.M., Shevyryova M.P. EBOLA HEMORRHAGIC FEVER: PROPERTIES OF THE PATHOGEN AND DEVELOPMENT OF VACCINES AND CHEMOTHERAPEUTIC AGENTS Molecular Biology. 2015. Т. 49. № 4. С. 480-493.
15. Петрова А.В., Горшков А.Н., Егоров В.В., Бондаренко А.Б., Шурыгина А.П.С., Грудинина Н.А., Васин А.В. ОЦЕНКА ТРАНСФЕКЦИОННОЙ СПОСОБНОСТИ ПРОИЗВОДНЫХ ХИТОЗАНА В КАЧЕСТВЕ НОСИТЕЛЕЙ ДЛЯ ДОСТАВКИ КОРОТКИХ ИНТЕРФЕРИРУЮЩИХ РНК Естественные и математические науки в современном мире. 2015. № 36-37. С. 142-148.
16. Egorov V., Vasin A., Lebedev D., Grudinina N. PEPTIDE-INDUCED AMYLOID-LIKE CONFORMATIONAL TRANSITIONS IN PROTEINS International Journal of Peptides. 2015. Т. 2015. С. 723186.
17. Прочуханова А.Р., Люблинская О.Г., Азаренок А.А., Назарова А.В., Зенин В.В., Жилинская И.Н. ИЗМЕНЕНИЯ ДИНАМИКИ КЛЕТОЧНОГО ЦИКЛА В КУЛЬТУРЕ КЛЕТОК ЭНДОТЕЛИЯ ЧЕЛОВЕКА, ИНФИЦИРОВАННОЙ ВИРУСОМ ГРИППА Цитология. 2015. Т. 57. № 3. С. 218-221. 0
18. Prochukhanova A.R., Azarenok A.A., Nazarova A.V., Zhilinskaya I.N., Lublinskaya O.G., Zenin V.V. ALTERATIONS IN CELL CYCLE DYNAMICS IN HUMAN ENDOTHELIUM CELL CULTURE INFECTED WITH INFLUENZA VIRUS Cell and Tissue Biology. 2015. Т. 9. № 4. С. 326-329.
19. Matusevich O.V., Gluzdikov I.A., Titov M.I., Egorov V.V., Zarubaev V.V., Shtro A.A., Slita A.V., Dukov M.I., Shurygina A.P.S., Smirnova T.D., Vasin A.V., Kiselev O.I., Kudryavtsev I.V. SYNTHESIS AND ANTIVIRAL ACTIVITY OF PB1 COMPONENT OF THE INFLUENZA A RNA POLYMERASE PEPTIDE FRAGMENTS Antiviral Research. 2014. Т. 113. С. 4-10.
20. Vasin A.V., Temkina O.A., Egorov V.V., Klotchenko S.A., Plotnikova M.A., Kiselev O.I. MOLECULAR MECHANISMS ENHANCING THE PROTEOME OF INFLUENZA A VIRUSES: AN OVERVIEW OF RECENTLY DISCOVERED PROTEINS Virus Research. 2014. Т. 185. С. 53-63.
21. Ksenofontova O.I., Vasin A.V., Egorov V.V., Kiselev O.I., Bobyl A.V., Soldatenkov F.Y., Terukov E.I., Ulin V.P., Ulin N.V. POROUS SILICON AND ITS APPLICATIONS IN BIOLOGY AND MEDICINE Technical Physics. The Russian Journal of Applied Physics. 2014. Т. 59. № 1. С. 66-77.
22. Sultankulova K.T., Chervyakova O.V., Kozhabergenov N.S., Shorayeva K.A., Strochkov V.M., Orynbayev M.B., Sandybayev N.T., Sansyzbay A.R., Vasin A.V. COMPARATIVE EVALUATION OF EFFECTIVENESS OF IAVCHIP DNA MICROARRAY IN INFLUENZA A DIAGNOSIS TheScientificWorldJournal [electronic resource]. 2014. Т. 2014. С. 620580.
23. Egorov V.V., Shaldzhyan A.A., Sirotkin A.K., Gorshkov A.N., Mirgorodskaya O.A., Vasin A.V., Lebedev D.V., Grudinina N.A., Shavlovsky M.M. A CONSERVATIVE MUTANT OF A PROTEOLYTIC FRAGMENT PRODUCED DURING FIBRIL FORMATION ENHANCES FIBRILLOGENESIS Prion. 2014. Т. 8. № 5. С. 369-373.
24. Азаренок А.А., Ляпина Л.А., Оберган Т.Ю., Харченко Е.П., Козлова Н.М., Жилинская И.Н. ИЗМЕНЕНИЕ АКТИВНОСТИ ТКАНЕВОГО АКТИВАТОРА ПЛАЗМИНОГЕНА КЛЕТОК ЭНДОТЕЛИЯ ПОД ВОЗДЕЙСТВИЕМ ВИРУСА ГРИППА А И ЕГО ПОВЕРХНОСТНЫХ БЕЛКОВ Тромбоз, гемостаз и реология. 2014. № 1. С. 3-8.
25. Азаренок А.А., Еропкина Е.М., Прочуханова А.Р., Шалджян А.А., Козлова Н.М., Козелецкая К.Н., Жилинская И.Н. ВОЗДЕЙСТВИЕ ВИРУСОВ ГРИППА А И ИХ ПОВЕРХНОСТНЫХ БЕЛКОВ НА МЕТАБОЛИЗМ КЛЕТОК ЭНДОТЕЛИЯ КРОВЕНОСНЫХ СОСУДОВ ЧЕЛОВЕКА Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58. № 3. С. 25-27.
26. Азаренок А.А., Прочуханова А.Р., Зенин В.В., Люблинская О.Г., Козлова Н.М., Жилинская И.Н. СПОСОБНОСТЬ ВИРУСОВ ГРИППА ТИПА А И ИХ ПОВЕРХНОСТНЫХ БЕЛКОВ СТИМУЛИРОВАТЬ АПОПТОЗ И НЕКРОЗ КЛЕТОК ЭНДОТЕЛИЯ IN VITRO Цитология. 2013. Т. 55. № 6. С. 430-435.
27. Плотникова М.А., Васин А.В., Клотченко С.А., Смирнова Т.Д., Даниленко Д.М., Егоров В.В., Шурыгина А.П.С., Киселев О.И. СРАВНЕНИЕ ПАТТЕРНА ЭКСПРЕССИИ МРНК ЦИТОКИНОВ В ЭПИТЕЛИАЛЬНЫХ КЛЕТКАХ A-549, ИНФИЦИРОВАННЫХ ВИРУСАМИ ГРИППА A/H1N1PDM09, А/H3N2 И А/H5N1 Цитокины и воспаление. 2013. Т. 12. № 1-2. С. 57-65.
28. Васин А.В., Сандыбаев Н.Т., Плотникова М.А., Клотченко С.А., Червякова О.В., Строчков В.М., Тайлакова Э.Т., Темкина О.А., Бродская А.В., Забродская Я.А., Никуленков К.П., Егоров В.В., Кошеметов Ж.К., Сансызбай А.Р., Киселев О.И. УНИВЕРСАЛЬНЫЙ ДИАГНОСТИЧЕСКИЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ МИКРОЧИП ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ И СУБТИПИРОВАНИЯ ВИРУСОВ ГРИППА А ЧЕЛОВЕКА И ЖИВОТНЫХ Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58. № 5. С. 32-37.
29. Egorov V.V., Zabrodskaya Ya.A., Vasin A.V., Klotchenko S.A., Lebedev D.V., Kalinin A.S., Kolikov V.A.,Grudinina N.A., Shawlovsky M.M., Rutberg P.G. MAGNETIC LABELING OF PROTEINS FOR ATOMICFORCE MICROSCOPY Doklady Biochemistry and Biophysics. 2013. Т. 448. № 1. С. 33-35.
30. Артеева И.В., Егоров В.В., Горшков А.Н., Гармай Ю.П., Алейникова Т.Д., Шавловский М.М. МОДЕЛИРОВАНИЕ ОЛИГОМЕРИЗАЦИИ И ФИБРИЛЛОГЕНЕЗ МУТАНТНЫХ ФОРМ БЕТА-2 МИКРОГЛОБУЛИНА Медицинский академический журнал. 2013. Т. 13. № 4. С. 92-100.
31. Egorov V.V., Shaldzhyan A.A., Slita A.V., Sirotkin A.K., Vasin A.V., Grudinina N.A., Shavlovsky M.M.,Lebedev D.V. AMYLOIDOGENIC PEPTIDE HOMOLOGOUS TO FRAGMENT 129-148 OF HUMANMYOCILIN Prion. 2013. Т. 7. № 3. С. 248-252.
32. Vasin A., Klotchenko S., Puchkova L. PHYLOGENETIC ANALYSIS OF SIX-DOMAIN MULTI-COPPER BLUE PROTEINS PLoS Currents. 2013. № MARCH 2013. С. A265.
33. Egorov V.V., Matusevich O.V., Shaldzhyan A.A., Skvortsov A.N., Zabrodskaya Ya.A., Garmay Y.P., Zarubayev V.V., Sirotkin A.K., Vasin A.V., Kiselev O.I., Landa S.B., Lebedev D.V. STRUCTURAL FEATURES OF THE PEPTIDE HOMOLOGOUS TO 6-25 FRAGMENT OF INFLUENZA A PB1 PROTEIN International Journal of Peptides. 2013. Т. 2013. С. 370832.