Лаборатория молекулярной вирусологии

Заведующий лабораторией — Комиссаров Андрей Борисович  Телефон зав. лабораторией: +7 921 927 37 29  Телефон лаборатории: +7 (812) 499–15–20  E-mail: andrey.komissarov@influenza.spb.ru

Основные направления деятельности лаборатории

• Лаборатория молекулярной вирусологии в составе Федерального центра по гриппу России и признанного ВОЗ Национального центра по гриппу Российской Федерации является элементом Глобальной сети надзора за гриппом и принятия ответных мер (GISRS). Лаборатория осуществляет ПЦР-диагностику респираторных инфекций и молекулярно-генетический надзор за вирусами гриппа и другими возбудителями острых респираторных вирусных инфекций (RSV, аденовирус, вирусы парагриппа человека). Объектом исследования является молекулярная эволюция вирусов гриппа различного происхождения (человека и животных, в том числе птиц и свиней) и других респираторных вирусов.
• В лаборатории ведется разработка ПЦР-тест-систем для выявления респираторных патогенов, а также протоколов капиллярного секвенирования и NGS циркулирующих и вновь возникающих патогенов (на основе платформы Illumina MiSeq).
• Сотрудниками лаборатории проводится обучение методам секвенирования и ПЦР ( теоретическое и практическое) как на базе ФГБУ НИИ гриппа Минздрава России, так и с выездом на места.

Основные проекты

• Лаборатория участвует в программе ВОЗ по внедрению системы управления качеством (Better labs for better health) для подготовки к аккредитации по международному стандарту ИСО 15189
• Государственное задание «Молекулярно-эпидемиологическая характеристика современного гриппа»
• Соглашение о сотрудничестве с CDC. «Поддержание потенциала эпиднадзора за гриппом национальными органами здравоохранения за пределами США» (“Maintenance of influenza surveillance capacity by national health authorities outside the united states”)
• Проект «Изучение роли вирусов гриппа в развитии тяжелых форм острой вирусной респираторной инфекции у госпитализированных пациентов» в рамках проекта Фонда Франции «Глобальная сеть госпитального надзора за гриппом» (Global Influenza Hospital Surveillance Network)
• Пилотный проект ВОЗ по надзору за РС-инфекцией (RSV pilot)

Основные достижения лаборатории

• Как часть Глобальной сети надзора за гриппом ежегодно лаборатория молекулярной вирусологии анализирует около 5000 респираторных образцов, поступающих из лечебно-профилактических учреждений г. Санкт-Петербурга и Ленинградской области, а также проводит секвенирование и филогенетический анализ вирусов гриппа из образцов, полученных из различных регионов Российской Федерации. Полученные данные депонируются в базе данных EpiFlu GISAID.
• Сотрудниками лаборатории успешно внедрена в практику надзора за гриппом технология секвенирования нового поколения (Komissarov et al., 2016).
• Разработаны протоколы секвенирования последовательностей, кодирующих поверхностные антигены РС-вирусов, аденовирусов и вирусов парагриппа человека.

Список ключевых публикаций

1. Komissarov A, Fadeev A, Sergeeva M, Petrov S, Sintsova K, Egorova A, Pisareva M, Buzitskaya Z, Musaeva T, Danilenko D, Konovalova N, Petrova P, Stolyarov K, Smorodintseva E, Burtseva E, Krasnoslobodtsev K, Kirillova E, Karpova L, Eropkin M, Sominina A, Grudinin M. Rapid spread of influenza A(H1N1)pdm09 viruses with a new set of specific mutations in the internal genes in the beginning of 2015/2016 epidemic season in Moscow and Saint Petersburg (Russian Federation) // Influenza Other Respir Viruses. 2016 Jul;10(4):247-53. doi: 10.1111/irv.12389
2. López-Labrador FX, Natividad-Sancho A, Pisareva M, Komissarov A, Salvatierra K, Fadeev A, Moya A, Grudinin M, Díez-Domingo J, Afanasieva O, Konovalova N, Sominina A, Puig-Barberà J. Genetic characterization of influenza viruses from influenza-related hospital admissions in the St. Petersburg and Valencia sites of the Global Influenza Hospital Surveillance Network during the 2013/14 influenza season // J Clin Virol. 2016 Nov;84:32-38. doi: 10.1016/j.jcv.2016.09.006.
3. Marchenko VY, Susloparov IM, Komissarov AB, Fadeev A, Goncharova NI, Shipovalov AV, Svyatchenko SV, Durymanov AG, Ilyicheva TN, Salchak LK, Svintitskaya EP, Mikheev VN, Ryzhikov AB. Reintroduction of highly pathogenic avian influenza A/H5N8 virus of clade 2.3.4.4. in Russia // Arch Virol. 2017 Jan 30. doi: 10.1007/s00705-017-3246-z
4. Puig-Barberà J, Natividad-Sancho A, Trushakova S, Sominina A, Pisareva M, Ciblak MA, Badur S, Yu H, Cowling BJ, El Guerche-Séblain C, Mira-Iglesias A, Kisteneva L, Stolyarov K, Yurtcu K, Feng L, López-Labrador X, Burtseva E; Global Influenza Hospital Surveillance Study Group (GIHSN). Epidemiology of Hospital Admissions with Influenza during the 2013/2014 Northern Hemisphere Influenza Season: Results from the Global Influenza Hospital Surveillance Network // PLoS One. 2016 May 19;11(5):e0154970. doi: 10.1371/journal.pone.0154970
5. Komissarov A., Fadeev A., Kosheleva A., Sintsova K., Grudinin M. Development of a realtime RT-PCR assay for the rapid detection of influenza A(H2) viruses. Mol Cell Probes. 2017. 35: 57-63

Cотрудники:

• Писарева Мария Михайловна (в. н. с)
• Едер Вероника (с. н. с.)
• Фадеев Артем Викторович (н .с.)
• Кошелева Анна Александровна (м .н. с)
• Егорова Анна Андреевна (м .н. с)
• Синцова Ксения Сергеевна (м .н. с)
• Мусаева Тамила Даировна (м .н. с)
• Котенко Анастасия Викторовна (м .н. с)
• Андреева Евгения Дмитриевна (лаб.-иссл.)

Эпидситуация

Референс-центр по диагностике гриппа и ОРВИ